A kemény víz nagy koncentrációban tartalmaz kalciumot, magnéziumot és egyéb ásványi sókat, amelyek hevítés és elpárolgás hatására vízkőlerakódásokat képezhetnek a vízhűtéses kondenzátor hőcserélőinek felületén. Idővel ez a vízkő szigetelő gátként működik a hűtőfolyadék víz és a kondenzátor fémfelületei között, ami rontja a hőcsere hatékonyságát. Ahogy a vízkő sűrűsödik, több energiát igényel ugyanazon hűtési hatás eléréséhez, ami csökkenti a rendszer hatékonyságát, magasabb működési költségeket és a rendszer kopását. A vízkő felhalmozódása a kondenzátoron belüli áramlási kapacitás csökkenéséhez is vezethet, ami magasabb nyomást és hőmérsékletet eredményez. E hatások leküzdésére sok vízhűtéses kondenzátor vízlágyítókat alkalmaz, amelyek eltávolítják a kalcium- és magnéziumionokat, vagy vízkőképződést gátló vegyszereket használnak a vízkőképződés gátlására.

Az extrém pH-értékű vízminőség (akár túl savas, akár túl lúgos) a fémkomponensek korróziójához vezethet. vízhűtéses kondenzátor . Az alacsony pH-jú (savas) víz a fémfelületek oxidációját okozhatja, ami rozsdához vezethet, és gyengíti a kondenzátor szerkezeti integritását, míg a magas pH-jú (lúgos) víz lúgos korróziót okozhat, ami lebontja a fémfelületeket. A tengervízben vagy az ipari hűtővízben gyakran előforduló kloridok jelenléte felgyorsíthatja a lyukkorróziót, ami helyi károsodáshoz vezethet. A korrózió megelőzése érdekében a vizet úgy kell kezelni, hogy fenntartsák az optimális pH-tartományt, jellemzően 7 és 8,5 között, ami ideális a savas és lúgos korrózió megelőzésére. A korróziógátló anyagokat, például a foszfátokat, cinkvegyületeket vagy szilikátokat rendszeres vízvizsgálattal együtt használják annak biztosítására, hogy a vízminőség az elviselhető határokon belül legyen.

Az üledékeket, szennyeződéseket vagy egyéb részecskéket tartalmazó vízforrások eltömődéshez és eltömődéshez vezethetnek a vízhűtéses kondenzátor csövein és hőcserélő rendszerein belül. Ezek a szilárd részecskék akadályozhatják a víz áramlását, csökkentve annak képességét, hogy elszállítsa a hőt a kondenzátorból. A csökkentett áramlás növeli a nyomást a kondenzátorban, és csökkenti annak általános hűtési hatékonyságát. Idővel az üledék felhalmozódása a belső alkatrészek kopásához vezethet, ami tovább növeli a karbantartási igényeket és a meghibásodás lehetőségét. E problémák mérséklése érdekében szűrőrendszereket vagy szűrőket általában a vízbemeneti pontokon szerelnek fel, hogy felfogják a nagy részecskéket, mielőtt azok a kondenzátorba kerülnének. Ezeket a rendszereket a homok, iszap és egyéb lebegő szilárd anyagok eltávolítására tervezték, amelyek károsíthatják a belső alkatrészeket vagy csökkenthetik a teljesítményt.

A bioszennyeződés akkor következik be, amikor mikroorganizmusok, például baktériumok, algák és gombák halmozódnak fel a kondenzátor hőcserélő felületein. Ellenőrzés nélkül ezek a mikroorganizmusok biofilmet képezhetnek, amely szigetelőrétegként működik, amely jelentősen rontja a hőátadást. A biofilm emellett elősegíti a korróziót és az eltömődést, tovább csökkentve a rendszer hatékonyságát. A bioszennyeződés gyakrabban fordul elő olyan felszíni vizeket (folyókat, tavakat vagy tengervizet) használó rendszerekben, amelyekben magasabb a szervesanyag-tartalom. Az algák növekedése különösen problémás, mert blokkolhatja a víz áramlását, és megnövekedett energiafogyasztáshoz vezethet, mivel a rendszer kompenzálja a csökkent hőátadási hatékonyságot. A biológiai szennyeződés leküzdésére a vízkezelő rendszerek gyakran tartalmaznak kémiai biocidokat (például klór-, bróm- vagy rézalapú vegyületeket), amelyek elpusztítják a mikroorganizmusokat, mielőtt azok biofilmet hoznának létre. Az ultraibolya (UV) fénnyel történő kezelés egy másik környezetbarát lehetőség a mikrobiális növekedés megelőzésére.